Aprovechando que tengo un servidor dedicado con Windows 2003 Server para desarrollo, contratado en Hostalia (por si a alguien le interesa), lo he configurado para que PHP corra en modo FastCGI sobre IIS.
Después de bajar la última versión Non-thread-safe de php y descomprimirla en un directorio, en este caso c:\php, procedemos a la instalación y configuración de FastCgi.
En IIS7 basta con agregar el módulo CGI para tener FastCGI pero en IIS6 debes bajarlo, actualmente en versión RTM, de éste enlace en iis.net.
Una vez instalado, podemos a agregar el módulo FastCgi en el servidor IIS. Para ello vamos a la pestaña Directorio particular, dentro de propiedades de un sitio virtual, y en configuración de la aplicación, añadimos la asignación de extensión para “.php” tal y cómo se ve en la captura.

Una vez hecho eso, debemos configurar el fcgiext.ini,localizado en WINDOWS\system32\inetsrv a mano o con un script llamado fcgiconfig.js ,incluido en ese directorio al instalar FastCGI.
Para hacer una configuración rápida lanzamos el siguiente comando en la ruta WINDOWS\system32\inetsrv
cscript fcgiconfig.js -add -section:"PHP" -extension:php -path:"C:\PHP\php-cgi.exe"
o bien si sólo queremos aplicarlo a un sitio web determinado, en este caso el sitio por defecto que tiene IIS
cscript fcgiconfig.js -add -section:"PHP" -extension:php -path:"C:\PHP\php-cgi.exe" –site:1
Si abrimos el fcgiext.ini veremos que se ha configurado fastcgi para funcionar con php y donde tiene que encontrar el ejecutable.
Si llamáis a un script con la función phpinfo(); , veréis que php se ejecuta perfectamente en modo FastCgi.
Si queréis ajustar más cosas para optimizar el rendimiento de fast cgi, os recomiendo que leáis ésta documentación de iis.net.